Пунктом 25 ФАП-331 на диспетчера, осуществляющего управление воздушным движением, возлагается дополнительная обязанность по ведению визуального наблюдения за птицами во время взлета и посадки воздушных судов. При этом Федеральными авиационными правилами «Организация воздушного движения в РФ» (далее — ФАП ОрВД), определен исчерпывающий (закрытый) перечень задач обслуживания воздушного движения (пункты 2.4 и 5.2.6), а также содержится прямой запрет (п. 3.2.7 ФАП ОрВД) возлагать на диспетчера, осуществляющего управление воздушным движением, функциональные обязанности, не имеющие прямого отношения к диспетчерскому обслуживанию и решаемым при этом задачам. Соответственно пункт 25 ФАП-331 противоречит ФАП ОрВД и создает прямой конфликт  норм. Также ФАП-331 содержит ряд противоречий.

В одном случае (пункт 26) орган ОВД (диспетчер) должен информировать экипаж о наблюдаемых птицах, а в другом (пункт 33) - запрещать взлёт экипажу воздушного судна. Учитывая, что в соответствии с требованиями воздушного законодательства Российской Федерации (п. 5.3.29 ФАП ОрВД, п. 3.3 ФАП «Подготовка и выполнение полетов в гражданской авиации РФ»), диспетчерское разрешение на взлет не является принуждением экипажа воздушного судна к его совершению, а окончательное решение о взлете и посадке принимается командиром воздушного судна. При этом, диспетчерское разрешение на взлет воздушного судна (п. 5.3.24 ФАП ОрВД) означает, что на момент взлета: а) безопасный интервал для вылетающего воздушного судна обеспечен; б) препятствия на летной полосе отсутствуют; в) экипаж воздушного судна имеет информацию о состоянии ВПП, направлении и скорости ветра у земли с учетом его порывов, фактической погоде, если она отличается от информации АТИС или погоды, вещаемой по МВ-каналу, а также о явлениях, угрожающих безопасности взлета; г) экипажу воздушного судна разрешено занять высоту круга или высоту, предусмотренную стандартным маршрутом вылета. Соответственно положение пункта 33 ФАП-331, в соответствии с которым диспетчер, при обнаружении птиц, не выдает экипажу разрешение на взлёт (означает, что должен запретить взлёт), не соответствует воздушному законодательству Российской Федерации, в том числе пунктам 5.3.24 и 5.3.29 ФАП ОрВД, а также эксплуатационной практике ИКАО.

В настоящее время, воздушное законодательство Российской Федерации предполагает самостоятельную юридическую субъектность органов ОВД, аэропортов, авиакомпаний, включая определенное Воздушным кодексом РФ и федеральными правилами, разделение их функций, прав и обязанностей.

Позиция Шереметьевского профсоюза летного состава по данному вопросу следующая: современное правовое регулирование (п. 5.3.25, 5.3.29 ФАП ОрВД, п. 3.3 ФАП «Подготовка и выполнение полетов в гражданской авиации РФ»), предполагает, что диспетчерское разрешение на взлет не является принуждением экипажа воздушного судна к его совершению, а окончательное решение о взлете и посадке принимается командиром воздушного судна.  Таким образом, действующее воздушное законодательство не дает права диспетчеру запрещать взлет (посадку) воздушного судна, так как это право закреплено за командиром воздушного судна.